Секвенатор Ion S5XL Ion Torrent, 3-80 млн.прочтений, производительность 0,6-15 млрд.п.н., анализ от 1 ч

Простой и быстрый рабочий процесс для анализа панелей генов, микробных геномов, экзомов и транскриптомов.

·         Принцип работы  — полупроводниковое секвенирование — встраивание нуклеотидов полимеразой, с детекцией протонов (Н+) в полупроводниковом микрочипе;

·         не требует применения красителей, лазеров, фотодетекторов;

·         точность анализа, % — 99,9;

·         полученные результаты обсчитываются серверной станцией;

·         длина рида, п.н. — 200 или 400;

·         длительность запуска — 2,5 ч (при длине рида 200 п.н.), 4 ч (при длине рида 400 п.н.);

·         количество прочтений, млн.:

— Ion 520 — 3-5;
— Ion 530 — 15-18;
— Ion 540 — 60-80. 

·         гибкая система чипов разной производительности, п.н.:

— Ion 520 — 0,6-1 млрд. (при длине рида 200 п.н.), 1,2-2 млрд. (при длине рида 400 п.н.);
— Ion 530 — 3-3,5 млрд. (при длине рида 200 п.н.), 6-7,2 млрд. (при длине рида 400 п.н.);
— Ion 540 — 10-15 млрд. (при длине рида 200 п.н.). 

·         длительность анализа:

— Ion 520 — 1 ч (при длине рида 200 п.н.), 2 ч (при длине рида 400 п.н.);
— Ion 530 — 2,5 ч (при длине рида 200 п.н.), 4 ч (при длине рида 400 п.н.);
— Ion 540 — 5 ч (при длине рида 200 п.н.). 

·         габариты, ШхГхВ, мм — 542×806×509;

·         вес нетто/ брутто, кг — 63,5/90,7.

Характеристики сервера:

·         конфигурация — отдельный стационарный компьютер в корпусе «tower», который поставляется вместе с системой Ion S5 XL;

·         ПО Torrent Suite со всеми необходимыми компонентами для обработки сигналов, определения последовательности оснований, выравнивания прочтений и определения мутаций;

·         процессор — E5-2680 v3 или лучше;

·         оперативная память — не менее 128 GB;

·         процессор GPU — NVIDIA K40;

·         хранение данных (приблизительтно) — доступно 28 TB;

·         операционная система — Система Ubuntu;

·         формат данных — стандартные форматы выходных данных FASTQ, SFF, BAM и VCF;

·         габариты, ШхГхВ, мм — 216×566×566;

·         вес, кг — 45.

Особенности:

·         менее 15 минут ручного труда для запуска секвенатора, менее 45 минут ручного труда для процедуры таргетного секвенирования от ДНК до результатов;

·         запуск секвенатора длится от 2,5 до 4 часов, от ДНК до результатов всего 24 часа;

·         небольшое количество стартового материала: 10 нг HK или РНК невысокого качества достаточно для получения полного списка мутаций или профиля экспрессии генов;

·         масштабируемость: один секвенатор для разнообразных экспериментальных задач, несколько форматов чипов для соответствия изменяющимся требованиям научных исследований.

Основные применения: 

·         исследования рака: обнаружение химерных транскриптов в образцах тканей, исследование однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), инсерций и делеций, изменения числа копий генов (CNV), уровней экспрессии генов, используя 10 нг FFPE ДНК или РНК.

·         исследования наследственных заболеваний: изучение мутаций, связанных с метаболизмом лекарст, секвенирование больших и малых панелей генов, обнаружение SNP, инсерции и делеции, а также CNV, связанных с редкими или неизвестными болезнями, с помощью полноэкзомного секвенирования;

·         исследования инфекционных заболеваний: идентификация и генотипирование микроорганизмов с помощью полногеномного секвенирования, определение мутаций, ответственные за устойчивость к антибиотикам;

·         исследование анеуплоидий: высокопроизводительное определение анеуплоидий и числа копий генов.

 

Аксессуары и опции: панели AmliSeq, наборы реагентов, чипы для секвенирования Ion 520Ion 530 и Ion 540

Вспомогательное оборудование: станция пробоподготовки Ion Chef, станция пробоподготовки OneTouch 2
термоциклеры; микроцентрифуга для чипов, микроцентрифуги, центрифуги-вортексы, вортекс, флуориметр Qubit 3.0; гомогенизатор,  системы препаративного электрофореза, магнитные штативы, источник бесперебойного питания, твердотельные термостаты, мембранный насос, пипетки, штативы. 


Комплект поставки, чипы, наборы. реагенты и расходные материалы — по запросу.

Продукция

Обратиться к нашим специалистам